依法管理宗教事务，是指政府根据宪法和有关法律、法规及规范性文件，对宗教方面涉及国家利益、社会公共利益的关系和行为，以及社会公共活动涉及宗教界权益的关系和行为的行政管理。依法管理宗教事务是全面、正确贯彻宗教信仰自由政策的要求和体现，是宗教与社会主义社会相适应的必然要求，也是我们国家社会主义民主和法制建设的重要内容。1991年中央制定的6号文件第一次明确政府依法对宗教事务进行管理，并就依法管理的内容、目标和方法提出了具体指导意见。这标志着我国宗教工作逐步走上法制化轨道。2001年全国宗教工作会议，按照实行依法治国方略的要求，根据我国宗教工作面临的形势和依法管理宗教事务实践的经验总结，对依法管理宗教事务的内涵作了全面和深刻的阐述。
依法管理宗教事务，必须依据宪法和有关法律、法规及规范性政策文件进行。宗教必须在法律、法规和政策范围内活动。政府是行政管理的主体，对宗教事务的管理是保证正常宗教活动的有序进行，依法管理宗教事务的要旨是保护合法，制止非法，抵御渗透，打击犯罪。
依法管理宗教事务，是为了更好地全面贯彻执行宗教信仰自由政策，不能片面理解为是限制宗教。依法保护宗教团体和宗教活动场所的合法权益，保护宗教教职人员履行正常的教务活动，保护信教群众正常的宗教活动，是依法管理的重点。任何干涉或侵犯正当的宗教信仰、正常的宗教活动和宗教界的合法权益，都是法律、法规和政策所不允许的。一旦发生应当立即予以纠正，对触犯刑律的，要依法处理。同时，要制止利用宗教进行的非法活动，抵御境外势力利用宗教进行的渗透，打击利用宗教进行的违法犯罪活动。
依法管理宗教事务，是为了使宗教活动纳入法律、法规和政策的范围，这也符合各宗教的利益和信教群众的利益，有利于支持和鼓励宗教团体办好教务，加强自主管理。依法管理对政府来讲，不是去包办或干预宗教团体的内部事务。就宗教团体而言，也不能超越国家法律法规，违反现行政策规定。